Medicina Subacuática
La Medicina Subacuática en la institución comienza a partir del año 1967 en el Cuerpo de Infantería de Marina y en el año 2004 se crea la Unidad de Medicina Subacuática en el Hospital Naval Guayaquil, en la actualidad cuenta con una Cámara multiplaza de ocho puestos y otra Monoplaza.
Especialidades Médicas
El Hospital Naval Guayaquil cuenta con diferentes especialidades de Segundo Nivel a disposición de sus pacientes.
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Internado de Medicina
El Hospital Naval de Guayaquil, mantiene convenidos interinstitucionales con la Universidad Católica de Santiago de Guayaquil (UCSG) y la Universidad Espíritu Santo (UEES), para recibir estudiantes en el último año de la carrera de medicina, quienes realizarán su año de Internado Rotativo de Medicina (IRM) en esta casa de salud.
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